EL SNASPE cuenta con 31 Parques Nacionales, 48 Reservas Nacionales y 15 Monumentos Naturales. Sin embargo, sólo el 3,6% del área total cubierta por el SNASPE se encuentra entre las Regiones de Coquimbo y de Los Lagos, que es el área prioritaria de biodiversidad declarada de interés mundial. Dentro de esta área, las concentraciones más grandes de plantas amenazadas se encuentran en las Regiones del Maule y del Bío-Bío, particularmente en la Cordillera de la Costa, y donde el grado de protección del SNASPE es el más bajo.

Distribución de las Áreas Silvestres Protegidas del Estado, desde las Regiones de Coquimbo a Los Lagos.

Existen numerosas reservas que no pertenecen al Estado, pues son propiedad de comunidades locales o indígenas, de propietarios privados, ONGs chilenas como CODEFF, y también recientemente, de ONGs internacionales, como Rainforest Concern, Conservation International, The Nature Conservancy y World Wide Fund for Nature (WWF), que se han involucrado en la compra de bosques nativos para su manejo con fines de conservación, considerando también la participación de representantes de las comunidades locales.

Huemules y paisaje de la Reserva Nacional y Santuario de la Naturaleza Los Huemules del Niblinto, conservados por CODEFF, en la comuna de Coihueco, Región del Maule.

La mayor parte de estas reservas privadas han sido vinculadas para formar la Red de Áreas Protegidas Privadas en Chile (RAPP), que actualmente incluye 133 reservas que cubren un total de 386.571 hectáreas. Esta red, que busca organizar y coordinar esas áreas, es una contribución valiosa a la conservación de hábitats amenazados y sus especies. En algunos casos, las reservas privadas han sido establecidas para formar corredores de vida silvestre entre parques y/o reservas nacionales del SNASPE. Estas iniciativas de complementación entre la RAPP y el SNASPE constituyen una gran esperanza frente al estado de fragmentación del bosque nativo chileno.

Entre las Regiones del Maule y de Los Lagos, área clave para la biodiversidad, gran parte de los bosques nativos remanentes son propiedad de empresas forestales, particularmente en la Cordillera de la Costa. Como parte de las exigencias de certificación de manejo sustentable de sus plantaciones, las empresas forestales están mejorando continuamente sus planes de trabajo destinados a la protección del bosque nativo que integra su patrimonio, al conocimiento y preservación de su valor ambiental, a determinar la presencia de especies de flora y fauna amenazadas, y a identificar, conservar y restaurar Áreas de Alto Valor Ambiental.